再认证或监督审核也必须对文件进行审核，重点审核管理体系文件变化的情况，如文件变化后是否符合国家相关食品安全法律法规和标准要求，与受审核方的组织规模、性质和复杂程度的适宜性以及审核目标及范围的一致性，是否充分覆盖了审核目标及范围的一致性，是否充分覆盖了审核目标及范围内相关技术要求。
有关变化的管理体系文件可能包括：管理手册和（或）涉及食品安全方针目标、组织结构、职责、食品安全小组成员及职责的文件、程序文件、前提方案、操作性前提方案、HACCP计划、食品安全相关的技术文件等，其充分性和适宜性的总体结论，同样要在现场审核之后得出。 文件审核不符合处置 在文件审核过程中，如发现管理体系文件不符合审核准则及国家相关食品安全的法律法规、文件规定与受审核方的实际情况或行业惯例明显不一致、文件描述不充分，审核组长应通知审核委托方、审核方案管理人员及受审核方，明确提出有关文件评审问题并进行沟通确认。针对文件评审提出的问题，对问题的轻重程度及审核风险的可接受程度进行谨慎判断，确定审核是否进行或暂停，直至有关问题解决。